超详细！！！AlphaFold3在线版使用指南

超详细！！！AlphaFold3在线版使用指南｜AlphaFold3系列

超详细！！！AlphaFold3在线版使用指南

（AlphaFold3分子结构预测使用简介+实操演示）

AlphaFold3 改写生物领域新风口？

AlphaFold3 一夜预测地球所有生物分子？

是的！AlphaFold3作为革命性的人工智能模型，不仅可以预测蛋白质三维结构，还能够预测所有生命分子的结构和相互作用，包括蛋白质、DNA、RNA、配体小分子、离子等生物分子相互作用。今天Kiki学姐将手把手教你如何使用AlphaFold3在线版预测分子结构。

本文分为两个篇章

第一章 AlphaFold3分子结构预测使用简介
第二章 AlphaFold3分子结构预测实操演示

第一章 AlphaFold3分子结构预测使用简介

1. 访问AlphaFold Server

方法：打开谷歌浏览器 → 登陆谷歌账户 → 进入AlphaFold3（网址：https://alphafoldserver.com/） → 即可出现下图（图1）

2. 上传序列数据

在AlphaFold Server序列输入区：点击“Add entity”（图2）→即出现序列输入框（图3）→根据分子类型选择蛋白质/DNA/RNA/配体/离子（图4）→选择序列出现次数（图4）→输入序列（图4）。→ 点击“Continue and preview job”进行下一步操作（图5）。

图2 AlphaFold Server序列输入区A

图3 AlphaFold Server序列输入区B

图4 AlphaFold Server序列输入区C

图5 AlphaFold Server序列输入区D

3. 预测和下载结果（具体操作流程在下方实操演示中查看）

4. 结果可视化

使用PyMOL等分子可视化软件打开下载的.cif文件，以查看和编辑蛋白质的三维结构。（具体操作流程在下方实操演示中查看）

第二章 AlphaFold3分子结构预测实操演示

（以预测Human IL-10结构为例）

1. 确定Human IL-10氨基酸结构及序列

确定Human IL-10氨基酸结构：

登陆uniprot（https://www.uniprot.org/，图6）→ 输入蛋白种属及名称（Human IL-10，图6） → 点击“search” （图6），进入对应网页（图7）→ 仔细核对，选择正确蛋白（图7） → 点击对应“Entry”（P22301），进入详情页（图8） → 在详情页中，点击“Structure” （图8）→ 推测此蛋白为二聚体（图8） → 本次选择1INR，点击RCSB-PDB（图8），进入对应网页（图9） → 确认1INR晶体结构为二聚体（Kiki学姐提示：做个笔记记录下来，后面会用到哦）

图6 uniprot首页

图7 uniprot Human IL-10列表页

图8 uniprot Human IL-10详情页A

图9 PDB 1INR详情页

确定Human IL-10氨基酸序列：

点击“Sequence”（图10） → 点击“Copy sequence”（图10），复制Human IL-10氨基酸序列。

图10 uniprot Human IL-10详情页B

2. AlphaFold Server在线预测

登陆AlphaFold Serve并上传序列数据

登陆AlphaFold3（网址：https://alphafoldserver.com/，图11）→ 在序列输入区：“Molecule type”选择protein（图11） → “Copies”选择2（Kiki学姐在上文中提醒过哦，Human IL10为二聚体，所以Copies选择2，图11）→ 输入序列（图11）→ 点击“Continue and preview job”（图11）。

图11 AlphaFold Server序列输入区E

3. 预测和下载结果

修改Job name（Human IL-10，图12） → 点击“Confirm and submit job” （图12）→ 在AlphaFold Server历史记录中找到“Human IL-10”，点击“Human IL-10”（图13），进入网页（图14） → 进行预测结果分析（分析结果如下） → 点击“Download” （图14），下载预测的蛋白质结构文件（图16）。